雖然水動力吸脂對血管和神經的損傷較傳統吸脂術要小得多，但一般水動力吸脂后由于種種原因仍有可能會出現一些副作用：
1. 皮膚皺褶及凹凸不平：皮膚皺褶出現在少數皮膚彈性差的受術者身上。凹凸不平是因在抽吸過程中，皮膚下所保留的脂肪厚度不均勻所導致的。手術后3個月就可以逐漸有所好轉。
2. 傷口感染：較大范圍的感染不常見，偶見切口部位局限性感染，與抽吸管進出切口時未阻斷負壓，加重了切口部的損傷有關。一旦發現感染，可拆除縫線，引流傷口膿液，換藥，傷口可延期愈合。
3. 出血：探頭使用時間過長可能導致表面不光滑，出現毛刺，從而造成更大程度的組織損傷和出血。
4. 皮膚感覺遲鈍和過敏：暫時性的感覺神經炎，短期可自行緩解。
5. 其他并發癥：如皮膚麻木或疼痛、色素沉著、皮膚硬結等。
6. 極少數肥胖人群由于抽吸的脂肪量過大，導致血管損傷的幾率也會同比增大，易導致靜脈栓塞、脂肪栓塞、肺栓塞等嚴重并發癥，但一般很少發生。