任何治療手段都有副作用，藥物祛痘也不例外，因而求美者應該在醫生指導下選擇適合自己的藥物，藥物祛痘可能出現的不良反應為：
1、維生素A和維生素E是治療青春痘的常用藥，長期使用維生素A后容易產生慢性中毒,表現為厭食、口唇皸裂、毛發干枯和脫皮等。維生素E副作用雖小,大量口服也可引起輕度惡心,長期應用還會導致月經紊亂。
2、含有雌激素的祛痘藥物能使體內雌激素水平明顯升高，女性長期服用此類藥,可導致子宮內膜過度增生而引起出血。
3、過量使用腎上腺皮質激素類藥物,如強的松、地塞米松等,會出現醫源性腎上腺皮質功能紊亂,使肌膚產生繼發性損害,表現為多毛、容易感染等,長期使用還有發生肌膚老化的可能。
4、除了青春痘合并感染,一般不宜長期使用四環素，長期使用四環素容易產生菌群交替癥和其它不良反應。