相對于手術而言，冷凍法是一種作用較”溫和”的治療方法，冷凍法治療時間短，痛苦小，治療后無需休息，因而對很多黑色素痣患者而言是一種較好的方法，但冷凍法黑色素痣治療也有一些副作用出現：
① 疼痛：冷凍治療1-2天內局部有疼痛感，尤以1-2小時內明顯。
② 水腫：解凍后局部即開始紅腫，24小時達高峰，3-4天開始逐漸消退。水腫明顯者可遵醫囑外用糖皮質激素類霜，每日2-3次。
③ 水皰：冷凍時間較長者，術后2-3小時局部可出現水皰或大皰。應立即找醫生治療。
④ 感染：較少見。常由術后形成的水皰破潰，不注意清潔衛生，繼發感染所致。一旦感染，應立即到醫院治療。
⑤ 色素沉著斑：冷凍形成的炎癥消退后，部分患者可繼發色素沉著斑。一般數月后可自行消退。