手術法黑色素痣治療雖然治療較為徹底，對很多黑色素痣患者而言是一種較好的方法，但手術法黑色素痣治療也有一些副作用出現，求美者一定去正規醫院治療，手術法黑色素痣治療可能出現的副作用有：
① 感染：任何手術都有發生感染的可能，一旦發現有發熱、感染的現象，應立即到醫院進行治療。
② 瘢痕：由于手術切口達真皮層，愈合后手術部位會有瘢痕形成，另外較大的色素痣切除后也會有明顯瘢痕形成。
③ 傷口裂開：若色素痣較大，切口處皮膚張力較大，術后可能會有傷口裂開的情況發生。
④ 皮下血腫：切取脂肪瘤的過程中，如果止血不當，可能發生皮下血腫。