相對于手術而言，微波是一種作用較”溫和”的治療方法，微波治療時間短，治療后無需休息，因而對很多腋臭患者而言是一種較好的方法，但微波腋臭去除術也有一些副作用出現：
① 局部腫脹：電離子治療后可能會有輕、中度局部腫脹，術后2-3天重，5-7天逐漸消退。
② 燒傷：術中有可能由于電流過大導致其他組織的燒傷。
③ 色素沉著：電離子治療后會有色素沉著的現象發生。
④ 瘢痕形成：電離子治療后會有點狀瘢痕形成。
⑤ 瘙癢：少見?？赡芤馕吨鴤诘挠?，也要警惕感染的可能。
⑥ 感染：術中很多原因可能導致感染，如器械消毒不徹底等。
⑦ 復發：若術中治療不徹底，殘存汗腺未能清理干凈，則會復發，需要再次治療。