果酸嫩膚屬于化學剝脫技術的一種，相對于光子、激光、E光來說，果酸嫩膚的副作用較大，有如下幾點：
① 色素沉著：化學剝脫術后常見的并發癥，多由脫痂處過多曬太陽引起。所以要避免曬太陽，外用防曬霜，口服維生素C與維生素E。
② 色素減退：可能會是永久性的，相對于不化妝的男性來說，色素減退顯得更加嚴重。
③ 持久性紅斑：淺層換膚后的紅斑多數在幾天內消退。持續存在的紅斑可遵醫囑使用中效的皮質類固醇激素軟膏，每天使用直至好轉。
④ 粟丘疹：部分患者由于剝脫術后毛囊孔閉塞、受堵，皮脂分泌不暢所致。應立即到醫院治療。
⑤ 瘢痕：是中層和深層換膚常見的并發癥。如果受術者在治療前半年曾經服用異維A酸，在換膚后愈合時可能會有發生肉芽組織增生的風險，不能馬上進行換膚，需要等這段窗口期過后才可。
⑥ 感染：不常見，如果發生感染，多數是淺表的細菌感染或者是單純皰疹復發。細菌感染一般是因為術后的護理不當，如果在醫生正確的指導下，仔細護理受術部位一般都是可以避免的。一旦發生細菌感染，應立即就醫。
⑦ 眼睛損傷：治療時可能發生眼睛的損傷，有報道三氯醋酸引起角膜上皮損傷結膜炎。